Phân loại nội bộ

Bộ Cá khế bao gồm 5 họ, được tách ra từ bộ Perciformes, với đa dạng nhất là họ Cá khế (Carangidae) gồm 30 chi và 148 loài, tiếp theo là các họ như họ Cá ép (Echeneidae) với 3 chi 8 loài, họ Cá nục heo (Coryphaenidae) gồm 1 chi 2 loài, và 2 họ đơn loài là Nematistiidae và họ Cá giò hay cá bớp (Rachycentridae)[3].

Phát sinh chủng loài

Mối quan hệ giữa các họ trong bộ Cá khế như biểu đồ sau[4][5]:

Quan hệ với các bộ khác

Bộ Cá khế từng được xếp trong phân bộ Carangoidei, hoặc theo Nelson (2006)[3] là siêu họ Carangoidea thuộc bộ Perciformes (cận ngành) của nhánh Percomorpha. Các họ hàng gần của nhóm cá dạng cá khế bao gồm một số họ trong phân bộ Percoidei như Centropomidae (gồm cả Latidae), Leptobramidae, Menidae (cá lưỡi búa), Polynemidae, Toxotidae (cá măng rổ), hay phân họ Scombroidei như Sphyraenidae, Istiophoridae và Xiphiidae (hai họ sau hiện được tách ra làm bộ Istiophoriformes)[4]. Wiley & Johnson đã nâng cấp nhóm cá dạng cá khế lên cấp bộ[1], và nó được Betancur-R. và ctv.[2], Near và ctv.[6] chấp nhận.

Mối quan hệ họ hàng gần của cá dạng cá khế với các loài cá thân bẹt (bộ Pleuronectiformes) đã được một số nghiên cứu khẳng định[7][8]

Từ nghiên cứu của Blaise Li và ctv người ta đã đề xuất một đơn vị phân loại mới là Carangimorpha (= Carangimorphariae theo Betancur-R. và ctv.) để hợp nhất tất cả các đơn vị phân loại này. Carangimorpha chỉ dựa trên các nghiên cứu phát sinh chủng loài phân tử và không còn được hỗ trợ bởi các đặc trưng hình thái học[4].

Cây phát sinh chủng loài của Carangimorpha dưới đây vẽ theo Betancur và ctv (2013)[2], cho thấy bộ Carangiformes là không đơn ngành. Các tác giả cũng coi bộ này ở tình trạng có vị trí có thể thay đổi (sedis mutabilis).